肉蔻具有温中行气、涩肠止泻的功效，主要用于脾胃虚寒、久泻不止、脘腹胀痛、食少呕吐等症状。

肉蔻性温味辛，归脾、胃、大肠经。它既能温中散寒、行气消胀以治本，又能涩肠固脱以上泻治标，是治疗虚寒性久泻、五更泄泻的常用药。现代药理研究显示其具有抗炎、抗菌、抗溃疡、镇静、止泻等作用，其所含挥发油对胃肠道既有兴奋又有抑制作用，需注意用量。

使用肉蔻应注意，其性温涩，湿热泻痢及胃热疼痛者忌用。常用于煨熟去油后入药，或作为香料少量用于炖肉。用于治疗慢性腹泻时，应在中医师指导下遵医嘱配伍使用。